La iniciativa para la creación del Museo Arqueológico-Paleontológico Municipal surgió en la segunda mitad de la década de los años setenta, a instancias de un colectivo local preocupado por la preservación y el conocimiento del patrimonio cultural de la zona. La celebración de lasPrimeras Jornadas de Arqueología sobre el Poblamiento Antiguo de la Vega Baja del Segura, organizadas por el mismo colectivo, es otro de los hitos que también contribuyeron a que en 1981 el Ayuntamiento de Rojales crease el Museo Arqueológico Municipal de Rojales.
Possteriormente, tras un periodo de resoluciones, el Ministerio de Cultura en 1982 acuerda reconocer el Museo, implantado en dos aulas de unas escuelas municipales del Barrio de San Pedro. En 1991, la Administración Municipal potencia la creación de un Servicio de Patrimonio Cultural dirigido por el arqueólogo y Director del Museo Manuel de Gea Calatayud, que posteriormente elabora una propuesta de implantación museográfica para el Museo en colaboración con varios Departamentos de la Escuela de Artes y Oficios Comarcal (Orihuela), en función de su actual instalación en la antigua Casa consistorial de Rojales. En esta nueva propuesta se incorpora una sección y colección paleontológica, organizada por Miguel Martínez Valero y José Mora Gómez y dirigida científicamente por el paleontólogo Joaquín Sendra Sáez.
Por su parte, la apertura definitiva del Museo Arqueológico-Paleontológico Municipal (museo matriz) -reconocido por la Conselleria de Cultura, Educación y Ciencia el 28/2/1996- y la rehabilitación y dinamización cultural-educativa de los Ecomuseos de Rojales (itinerarios complementarios al Museo) en los últimos 10 años, configuran una oferta de alta calidad en el ámbito de la didáctica, la difusión del patrimonio y las rutas culturales y lúdicas de la Comunidad Valenciana.
El Museo Arqueológico-Paleontológico Municipal implantado en la antigua Casa Consistorial de la Villa, tras una importante remodelación arquitectónica del edificio y un intenso proceso de estudio y ejecución de interiores (departamentos y salas del museo), divide su espacio expositivo en dos grandes áreas. En primer lugar, el área de paleontología muestra la evolución paleogeográfica del territorio a través de los testimonios de infinidad de seres que vivieron en nuestra zona hace millones de años. Por otra parte, el área de arqueología facilita una comprensión global de la evolución cultural del poblamiento establecido en el entorno de Rojales desde los más lejanos tiempos prehistóricos hasta la fundación de Rojales como aldea y municipio.